Ο κανονισμός εσωτερικής λειτουργία του Συστημικού Ινστιτούτου Κύπρου ορίζει τις αρμοδιότητες των οργάνων διοίκησης, τη λειτουργία του Επιστημονικού Συμβουλίου, τη συνεργασία με άλλους φορείς και γενικώς ρυθμίζει θέματα εσωτερικής οργάνωσης και λειτουργίας του ΣΙΚ.